在法律效果上 合同与协议并无区别 但是在运用上合同比协议更加正式一点 有点类似于书面语和口语的区别劳动合同可以补签,没有问题但不知道你说的协议书是什么,是就业协议么,刚毕业么,信息有点少,所以只能说这么多了